大蒜根系淺，根毛少，吸收養分能力弱，對基肥質量要求較高。施用前，要使有機肥充分腐熟，并將其搗碎拌勻，以防止未腐熟的生糞導致蒜蛆危害。常用的農家肥料有人糞尿，豬糞尿，雞、鴨糞和餅肥等。一般每667平方米施用豬糞尿2500~3000千克。用化肥做基肥的，每667平方米施用硫酸銨30~35千克，或者尿素10~15千克，將肥料施入溝中，再覆土蓋好。南方地區的酸性土壤，可以在基肥中加入適量石灰，以降低其酸度。

對秋播大蒜，在幼苗期，越冬前要各追肥一次，施用的肥料可以用人糞尿或化肥等，以促使幼苗在冬前發好根，長好苗。一般每667平方米施用腐熟人糞尿1000~2500千克，或者追施硫酸銨15~20千克，或者尿素7~9千克，隨水追施。如果大蒜幼苗生長旺盛，可以不追肥，以防止冬前幼苗過旺。越冬時要覆蓋麥、稻草，撒施土雜肥、塘泥等，每667平方米施用5000~7000千克，可使第二年植株抽薹早，蒜瓣大，蒜頭重。春季溫度上升后，為滿足春發階段對養分的需求，要及時追施一次春肥，可施用人糞尿或化肥。抽薹時再每667平方米追施硫酸銨20~25千克，或者尿素9~12千克。施入抽薹肥厚1個月，大蒜的磷芽進入發育旺盛期，需要養分量較大。這時，要追施一次速效性肥料，每667平方米可施用豬糞尿3000~4500千克，或者硫酸銨18~20千克，或者尿素8~10千克，可促使大蒜早抽薹，提高蒜薹和蒜頭的產量與質量。大蒜施肥時，要注重兩個關鍵期的施肥，一是催苗肥，以促進大蒜葉片生長；二是催頭肥，以促進大蒜鱗莖的膨大。